就这样，宋教仁案的涉案人死了一个、关了一个、藏了一个、走了一个后，又被袁世凯如此一搅，整个案情以及隐藏在背后的一切顿时变得扑朔迷离如同一潭浑水；宋教仁案的审理则因真相莫明拖而未果，成了民国初期的一大疑案。
然而，国民党人心中自明，料定必是袁世凯在搞鬼。
此时，已从日本赶回上海的孙中山，断定刺杀宋教仁的幕后指使者必定是袁世凯。
孙中山从宋教仁案中猛然省悟，意识到自己看错了袁世凯；貌似谦和的袁世凯原来果然包藏祸心如此的阴险毒辣，竟然会以这等鄙陋的手段刺杀开国功勋宋教仁；至此，孙中山才终于认清了袁世凯的真实面目。因此，孙中山一怒之下就主张“立刻兴兵讨伐袁世凯”，以为“庆父不死，鲁难未已”；且“袁世凯身为临时大总统，其公然违法，已断非法律所能解决”。
于是，孙中山在抵达上海的当天就召开了国民党高层干部会议；会上，孙中山慷慨激昂地：“事已至此，法律无济于事；只有迅速组织军队，通过武力夺取政权，才能解决根本问题。吾若有两师军队，定当亲率北伐问罪。”
然而，孙中山的主张只有陈其美及江西都督李烈钧等少数人支持。
而此时的黄兴，虽然也早已断定宋教仁案是袁世凯所为而怒不可言；但对于如何处置，却也与孙中山意见相左。
黄兴德等人竭力主张要依靠并付诸法律，相信法律能为宋教仁讨回公道；而一旦开战，遭殃的首先是黎民百姓；黄兴不忍看到还没过上几天太平日子的黎民百姓再次遭受战争的磨难；且战事一起，列强或许会乘虚而入从中渔利甚至于再次瓜分中国；所以，黄兴不赞成再兴兵端干戈相见，认为不到迫不得已不该轻谈战事。
而远在云南的蔡锷此时虽然已经《通电》谴责暗杀宋教仁的卑劣行径，但却也反对用兵而主张由法律解决。因此，孙中山的讨袁主张未能得到众人支持深感无奈，这次国民党的高层会议也就无果而散。
而黄兴等**依赖并付诸的法律，却由于武士英的死无对证、应夔丞的百般抵赖、洪述祖的藏匿不显、赵秉钧的拒绝出庭，其进展缓慢近于停顿，国人企盼宋教仁案真相大白之日却是遥遥无期了。
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