桢、祥等人连夜拟就了两道上《谕》；第一道上《谕》中列举了顾命八臣的种种罪状，据此将八人去职；并提请两宫太后垂帘听政。第二道上《谕》则更是直言：“将载垣、肃顺、端华革职拿问，交宗人府会同六部九卿议罪。”
第二天，盖有御赏与同道堂字样的起、讫章俱全的两道上《谕》先后颁发。已进京的怡亲王载垣、郑亲王端华还没明白是怎么会事，即被恭亲王奕訢派遣的僧格林沁拿下。同时，奕訢又派胜保前往梓宫回銮途中缉拿肃顺等人。胜保欣然受命，带着本部人马疾驰而去。
此时，肃顺与睿亲王仁寿、醇郡王奕譞及其余几名顾命大臣，正护送咸丰皇帝的梓宫行至距京城尚有百余里的密云；是夜，驻屯于密云行馆。眼见得离京城渐近，所派之人却杳无音讯，未知何故？肃顺正为此烦恼而心神不宁，似乎已有预感，此乃不祥之兆。
忽见胜保赶到，肃顺更觉事有蹊跷；正欲动问，胜保却已取出上《谕》；命肃顺等人：“接《旨》。”
众人闻言，只好跪地叩接。
待胜保宣读完《圣旨》，肃顺方知事态有变欲起身抗命；景寿等五人却是栗然变色不知所措了。
然而，未待肃顺起身，胜保即命左右将肃顺擒住；接着，又将其余五名顾命大臣一并拿下；然后，将六人连夜押解回京。
顾命八臣交给宗人府后，很快就定了罪。
八人被押解到两宫太后前时，怡亲王载垣嚷着甚觉冤屈：“吾乃赞襄大臣，有先帝遗《诏》在身，尔等安可如此？”
慈禧太后冷笑一声，取出被搜取的咸丰皇帝口授辑录的《诏》书，：“好一个赞襄大臣？尔等枉称饱读诗书；却不知先皇遗《诏》，须有御赏章为起印，同道堂章为讫印；尔等所谓《诏》书，有起无讫，即为矫《诏》。尔等胆敢冒天下之大不韪，以矫《诏》欺蒙百官，挟持幼主，谋逆篡权，且欲暗杀太后，罪不容赦。今本宫为国除害，上合天意，下顺民情，尔等还有何憾乎？”
慈禧太后言毕，将咸丰皇帝口授辑录的《诏》书撕碎后抛于地上。
肃顺自知已入绝境难免一死，仰面朝天长叹一声后，怒目瞪着载垣等人愤然道：“孺子愚昧，不知利害；错失良机，反落奸妇之手。当初若依吾言，何至如此？”
怡亲王载垣等人被斥，也追悔莫及。
慈禧太后没允肃顺下去，厉声斥责：“肃顺阴毒，使人谋害两宫，死有余辜，斩立决。”
言毕，即将肃顺推出午门斩首。
接着，慈禧太后又将怡亲王载垣、郑亲王端华赐白练自缢而亡；军机大臣穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛等四人皆被革职后发配新疆充军。唯有景寿，因是道光皇帝第六个女儿寿恩固伦公主的附马爷，又是恭亲王奕訢的姐夫；念在胞姐的情面上，恭亲王奕訢当然要向两宫太后求情而力保。
慈禧太后心想，景寿与她无甚交恶，只因被列入了顾命八臣而受牵累；而恭亲王奕訢是她现在乃至今后要依靠的左膀右臂，就给留个面子吧。
于是，慈禧太后算是额外开恩网开一面给了景寿一条生路；只革去了景寿御前大臣之职，却仍保留了他的一等诚嘉毅勇公爵位。景寿获此赦免，涕零叩拜谢恩而去；数年后，复为所用。
同时，又将肃顺的党羽兵部尚书陈孚恩、吏部侍郎黄宗汉、奏言侍郎成琦、刘琨、太仆寺卿德克津泰、候补京堂富绩等六人革职谴黜。此时，从肃顺家中查获了大批朝臣与肃顺往来的书函；慈禧太后恐牵涉面太广而难以收场，干脆命军机处将查获的所有信函尽皆一炬焚毁毋庸呈览。
那些战战兢兢等待发落、曾与肃顺等人有过一丝瓜葛的朝臣们，见慈禧太后竟能如此的宽大为怀额外开恩而没加追究，庆幸之余皆十分感激；于是，纷纷倒戈归顺并臣服于两宫太后了；因此，朝野很快的就平静下来，没有引发别的变乱。
不久，又《诏》告天下：“新帝继位，定年号同治。”于是，由顾命八臣所定的祺祥年号即被废止。
公元一八六一年十一月十一日，六岁的同治皇帝载淳正式登基。
接着，又一道上《谕》：“凡各部、省奏折，均先呈两宫皇太后审阅裁决，再发交议政王、军机大臣处理意见。各级官员的任免、派放，由议政王与军机大臣拟定名单，呈两宫太后裁定。”
这道上《谕》，不但为两宫太后插手朝政扫清了道路，并且掌握了实权，慈禧太后终于感到称心如意了。
于是，在幼帝的龙椅后，摆了八扇黄色纱屏；慈安太后与慈禧太后即坐于纱屏后面，听取众臣朝议，并批阅《奏》章；从此，正式开始了两宫太后垂帘听政的历史。
至此，大清皇朝宫闱中的一场为辅政而进行的血腥争斗终于结束并顺利过渡。因时值辛酉年，故史称辛酉政变；又因当时八位顾命大臣曾为新皇朝定下年号为祺祥，故又称祺祥政变。
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