倭良嘎哩交涉，欲归还伊犁。
然而，倭良嘎哩却藉口：“清政府在新疆的兵力太薄弱，无力接收伊犁；只有等到中**队从阿古柏的手中收回了乌鲁木齐、玛纳斯等地后，新疆与内地的交通得到恢复之后，清政府才有能力管理亲疆；到那时，俄国才会把伊犁交还给中国。”
如此，中俄之间有关“归还伊犁”的谈判没有结果，清皇朝显得十分无奈。其实，沙皇俄国打算永久侵占伊犁，甚至于欲将伊犁划入俄国的版图；只是，不便明言罢了。
清庭眼见进军受阻而谈判无果，只好忍气吞声的暂时作罢；于是，更欲剿灭陕、甘的回民起义军，以打通去往新疆的途径。于是，剿灭陕、甘“回民起义军”之事成了陕、甘总督左宗棠的当务之急。
其实，眼见着中国西域新疆被阿古柏和沙俄蚕食侵占，左宗棠何尝不心急如焚，每每想起则寝食不安。然而，若是陕、甘的回乱未宁；有着这只拦路虎挡道，收复新疆就毋从谈起；所以，清皇朝敦促左宗棠从速平定回乱；左宗棠自然也不敢怠慢，把全部精力投入其中了。
此时，陕西的回民起义军见左宗棠的大军将至，有的就进入了甘肃，留在陕西的已是不多；所以，左宗棠决定先秦后陇，抚、剿兼施。待安定了陕西后，再去对付活动于甘肃的起义军。
同治六年七月，左宗棠亲率二万楚军抵达潼关时，西捻军已经离去；左宗棠派部将刘松山、郭宝昌尾随追击，自己则率军留驻潼关。
陕西和甘肃两省的官员早已是望眼欲穿，盼着左宗棠前来帮助平定回乱。而今，见左宗棠的大军已进至潼关，宁夏将军穆图善及新任甘肃提督高连升即带着一班官员，赶至西安东南侧的蓝田迎候。
于是，左宗棠起营拔寨，离开潼关，去往西安。
左宗棠进驻西安后，即命穆图善张榜安民；并派员四出，赴回民较集中的洮州、静宁、河州、狄道等地进行招抚。
因回民起义军没有统一的组织，似若散兵游勇；此时，回民起义军见清朝大军到来，有的自料不敌，也就愿意接受招安缴械投降了。而一些不甘臣服的，则退入了甘肃境内，仍坚持抗清。
退入甘肃境内的回民起义军，有的驻于甘南的渭河与泾河一带。有的则在紧临陕西的庆阳汇集，打通了至吴忠的通道；然后，盘踞在了甘北。
然而，由于甘北贫瘠荒芜，所需粮草须取自秦川；所以，回民起义军虽然撤离了陕西，但仍不时的入秦骚扰。而被招抚留在陕西的回民起义军，却因长期存在的回、汉之间的矛盾并没有从根本上消除；那些受招抚了的回民起义军，表面上虽然是降了，但心底里却是降而不服；因此，回、汉之间仍常有磨擦，麻烦不断；已被招抚的回民起义军，往往又会因一些偶发因素而从新举起义旗；如此的新的起义之举，此起彼伏时断时续总是不能平息。所以，整个陕西境内，局势仍很微妙，难以久安。
左宗棠见局势未稳，难如己望；而招抚之策成效未显，这才决定依仗武力彻底铲除陕西境内的回民起义军，以稳定局势。于是，左宗棠派兵四出，刻意围剿；欲各个击破，靖平全境；不久，果有收获。
清将刘典很快就将西安周边的回民起义军赶到了渭河以北；然后，又压迫到了甘肃境内。
李辉武会同张岳龄，在宝鸡的千阳击败了回民起义军，也将其赶至陇中。
阎定邦则也将窜入到陕、甘边境长武的回民起义军击退，迫使回民起义军再退回到了甘肃的泾河一带。
而驻于甘肃隆德的回民起义军东向袭取了华亭、崇信、灵台后，也遭到了清军的阻截；清将吴士迈不但击退了回民起义军，并缴获了大量的粮食和牲畜。
高连升也率部攻打驻于正宁的回民起义军，逼迫其进一步西撤，退到甘肃庆阳中南部的董志原。
魏光焘与刘厚基则在陕西东北部的宜川，铲平了回民起义军的北山根据地，将起义军首领张大有等人斩杀，并也获取了大量的粮食和牲畜。
在彬县与三水一带，清将黄鼎与回民起义军激战，起义军首领马正和负伤而逃，沿泾河溃退入甘肃境内。
游击于陕西中部的回民起义军，在渭南的白水一带，被从宜川凯旋南下的魏光焘部拦截；回民起义军败走渭河，又受阻；只得折而沿洛河西岸北上，欲渡洛河后退入甘肃；然而，正在渡河时，洛河水徒涨；使正在渡河的回民起义军溺死过半，仅有数千人凫水过河逃命；未及过河的，皆被魏光焘追杀。
李大有和成定康两部在咸阳北面的淳化也击败了回民起义军。
金顺和刘馨集也在陕北的绥德、榆林等地，拔除了回民起义军的几个据点，斩杀数千人，大获全胜。
至此，陕西境内的回民起义军几被肃清，殘部退入甘肃后，不敢再入陕骚扰，秦川大地终于有了片刻宁静。
同治七年，西捻军被剿灭后，刘松山、郭宝昌等率部回到陕西。刘松山屯于陕北的绥德一带，郭宝昌屯于渭南一线。
此时，退入甘肃的回民起义军，
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