较有生气的几支皆北上汇集在了吴忠的金积堡，继续与清庭抗衡；并等待时机，进行反扑。
左宗棠见陕西境内已经安定，遂决定对盘踞于甘北金积堡的回民起义军实施围攻；从而实现他先秦后陇，平定回乱的谋略。
左宗棠谋划兵分北、中、南三路入甘；其中北、中两路对金积堡实施夹攻；南路则追击退至甘西的回民起义军殘部，且防堵其北上驰援。
因此时，刘松山部正驻屯于陕北的绥德；左宗棠即打算让其率部从绥德西进，直指金积堡。左宗棠则自率中路，经陕西的乾州、邠州、长武入陇，然后折向北上；与刘松山南北呼应，从而对金积堡实施夹攻。南路则由李耀南、吴士迈等人率领，自陕南的陇州，经宝鸡、秦州后入甘，追击已溃入甘肃西部的回民起义军。
谋划既定，稍作休整后，各路兵马按计而行。
谁知，正在清军准备深入甘肃剿灭回民起义军时，驻屯于绥德的清军却发生了骚乱。
原来，刘松山的部队中有哥老会组织；哥老会又称袍哥，是个源于四川而活跃于长江流域的秘密社团，在湘军中影响较大，许多士卒都是其会员；且因哥老会的成员多来自社会底层，故对于回民起义军深表同情；而今，清庭要他们剿灭回民起义军，多有不愿。于是，哥老会头目谢永青、丁玉龙等人秘密串联了各营中的会员，并与回民起义军取得联系后，决定举行起义。
正在清涧的刘松山闻知绥德驻军兵变，赶紧星夜从百余外的清涧赶回绥德。因参与兵变的哥老会成员仅有百余人，势力不盛；所以，刘松山只用了几天时间，就擒获并处死了谢永青、丁玉龙等数名哥老会头目及参与者，一场兵变就这样有惊无险地被平息了。
左宗棠闻知刘松山平息了兵变，对其褒奖一番后，遂又集中精力实施自己的谋划了。
同治八年秋，刘松山终于率部从绥德进发；一路西向，经清涧、靖边、定边后，即进入了甘北。因此时的陕西境内已无回民起义军活动，所以一路上没有遇到多大的抵抗，刘松山就轻松地抵达了甘肃的花马池。
进入甘肃后，回民起义军的抵抗增强；然而，刘松山仍继续挥师西进，势如破竹所向披靡，很快进抵到甘肃的灵州。
一路上，刘松山攻克了五十余座堡寨，扫平了回民起义军的九十多个据点，战绩显赫。接着，刘松山攻占了灵州和吴忠；于是，金积堡就在眼前了。
进驻吴忠后，刘松山让部队稍作休整，等待左宗棠大军的到来。
而此时，左宗棠也已率军进入甘肃，经甘东的泾州、平凉后，进到了固原；然后，折向北上也直指金积堡。
刘松山见左宗棠的大军已经固原北上，于是又从吴忠出发，进抵到距离金积堡仅有数十里远的郭家桥。
不久，左宗棠也率部抵达，在金积堡的西南面仅相距十多里的汉渠驻扎。
金积堡位于甘北，扼秦、汉两渠；相距十多里即是青铜峡口，可经此退守黄河西岸；东向可直达花马池，越境即入秦川；地理位置十分显要。故而，回民起义军退入甘肃后，大都屯驻于此。
所以，左宗棠以南、北北路夹攻必欲夺取。
待左宗棠抵达汉渠，刘松山进驻郭家桥后，清军已将驻扎在金积堡的回民起义军围困了；不久，清军又占据了金积堡外围的要地永宁洞及黄河边上的青铜峡口。
与此同时，李耀南率领的南路清军从宝鸡出发，经陇州后进入甘肃；沿途也只有股的回民起义军稍作抵抗，即被李耀南击溃，纷纷向西撤离；于是，李耀南率领的南路军所向披靡，抵达了天水的秦州。
驻于同心城、韦州堡一带的回民起义军见情势不妙，则向清军投降了。
至此，以马化龙为首的回民起义军被围困于金积堡，更是绝了外援，如同瓮中之鳖，情势异常危急。
然而，回民起义军却不被左宗棠的大军所惧，仍然顽强抵抗。因为，回民起义军以骑兵为主；他们利用骑兵的长处，忽东忽西地左右冲突，最后终于找到了突破口。
清军总兵简敬临以为回民起义军已被围困，必遭俱歼；简敬临也就因胜滋骄，欲邀功而率部杀入敌营，却被突然而至的回民起义军的骑兵反包围了；结果，士卒死伤无数，简敬临也被砍杀。
于是，清军的包围圈被撕开了一个口子；回民起义军中的一部突出重围，夺取了青铜峡，然后渡过了黄河西走。
而此时，另有一支千余人的回民起义军，从金积堡突围后，进至秦渠南面，夺占了处于秦渠口的几个村堡，也欲渡河而走。
但马化龙的大部却来不及突围，被撕开的口子又很快让清军合上了，未能突围的回民起义军又被围困在了金积堡。
刘松山见已突围的回民起义军皆欲渡河，于是连夜率部追击；直至秦渠口，回民起义军方被追及。
回民起义军不敌，只得退入秦渠口的马五寨。
刘松山又率部攻打马五寨，欲将退入马五寨的回民起义军聚歼。
退守
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