认罪画押了；且其时，证人钱宝生已经病故；所以，胡瑞兰就据此定案维持原判了。胡瑞兰如此所为，无非是为了保护杨昌浚等浙江的同僚们能度过一劫，却不料连自己也受牵累于其中。
因为，慈禧太后所要的不是这么个结果；于是，延至光绪二年十二月，慈禧太后又命都察院、刑部、大理寺对此案再进行三堂会审。
这次三堂会审中，两名案犯再次翻案死不认罪；当堂提审了仵作及药铺伙计等人后，方知确有冤情；最后，开棺验尸也证实了葛品连的死因并非毒毙。至此，一宗轰动朝野、历时三年之久的冤案才算真相大白。
此案告结后，慈禧太后严令将涉案中玩忽职守草菅人命的大官吏究责查办论罪惩处。
结果，礼部侍郎兼浙江学政胡瑞兰、浙江巡抚杨昌浚等要员被革职；余杭知县刘锡彤因草菅人命，革职后发配黑龙江充军；杭州知府陈鲁、宁波知府边葆诚、嘉兴知县罗子森，其它还有一些候补知县顾德恒、龚心潼、锡光等多人，也因涉案而被罢官。
而案犯杨乃武与“白菜”虽然冤情得到了昭雪被当庭释放，但因奸情确实仍难免责罚；裁定将杨乃武革去举人永不录用，并将俩人各杖八十以儆效尤；俩人能捡回一条性命已算幸运，也就甘愿受罚了。
经此一案，晦气了浙江的一大批官僚；而慈禧太后倒是博了个好名声心中甚乐，往日的烦恼也就去了许多。
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