就招致了群臣的反对。
满清宗室、朝中百官群起发难，“反对实施改革，主张保留旧制”的《奏章》不断。
内阁中书王宝田、户部郎中李经野等人则声称：“改革官制，乃以夷变夏，乱国法而惑人心，有四谬六弊，断不可取。”
御史张瑞荫、吏部主事胡思敬则言：“内阁权重于朝庭，必出佞臣，不可轻设；军机处代君议事，不可言废。”
内阁学士海干脆直斥袁世凯：“操纵宪制，败坏国家；阴夺君权，居心叵测。”
同时，四处传言：“一旦改革官制，内务府也要裁撤，满清宗室都得让位于汉人，连宫中太监也都会被驱除。”一时间，人心惶惶了。
于是，满清宗室的王公、贝子，甚至于太监们；都纷纷到老佛爷面前泣诉，言袁世凯的“不是”。
此时，北洋新军中唯一的满人将领、镶白旗人铁良则面奏慈禧太后，攻讦袁世凯：“心存叵测，须早加抑制；若满人势力被削，大清还能依重于谁？”
瞿鸿禨也趁机进言：“袁世凯欲立内阁，祸心弥天；军机处断不可撤，以期制约。”
如此种种议论，把个慈禧太后闹得心烦意乱了；她想不到立宪尚未实施，朝臣之间却已争得不可开交了。不过，对于玩惯了权术的她来，这倒是利于她驾驭与控制，又何尝不好？
然而，欲行新政、立宪、改革官制等都是她亲自倡导的，岂能就此罢休半途而废？而对于袁世凯，慈禧太后心中自然有数；只因他在灭拳匪、办新军、破获谋刺案中屡有建功，才给予的褒奖以慰其心。而在慈禧太后眼中，袁世凯毕竟只是一介武夫，无非是宵之辈；此人有权欲，但还不至于吃了豹子胆敢犯上作乱，大可不必杯弓蛇影的胆如此；特别是经谋刺案后，慈禧太后倒是觉得可以放心了。不过，瞿鸿禨所言也有其理；因为，目下的袁世凯确已集权过重，有道是权重盖主，略加制约看来也有必要。而满人是大清的根基，推行新政固然需要，但归根到底却不可损害满人的利益；否则，自己的这个宝座失去了基础也就不稳了。而军机处、内务府是大清朝皇权的象征；皇权不允撼，这些机构当然也是轻易更变不得的。
慈禧太后如此思虑后，既没有采纳众议罢绌袁世凯，也没有全盘接受袁世凯的《新官制改革方案》；而是给官制改革定下了“五不议”原则，即：“军机处事不议、内务府事不议、翰林院事不议、八旗事不议、太监事不议。”如此一来，袁世凯的手脚就被捆住了，只好顺着慈禧太后的意愿修改官制改革《方案》了。
慈禧太后定了调后，袁世凯被迫修订了《官制改革草案》。
结果，非但军机处、内务府、翰林院不能碰外，连都察院也原封不动；大理寺只是改了一个字，更名为大理院。不过，资政院与军咨府倒是增设了；但是，原欲增设的集贤院、行政裁判院却没能批准。而立宪中的关键、设立责任内阁一事，倒是准予同意了。同时，六部中除了礼部、吏部保留外，其他各部均被裁撤。审议后，同意另设了外务、民政、陆军、法、学、农工商、理藩、邮传、度支等部门。并规定了“各部只设尚书一人，侍郎二人”，“内阁也只设总理大臣一人，协理大臣二人，各部尚书同为内阁政务大臣”。
至此，袁世凯主持的官制改革总算有了落实；虽然，《草案》中拟议的内容没能完全通过，但实施了部分；终于理清关系明确权责，也算是有成果。
责任内阁设立后，清庭任命奕劻为内阁总理大臣，原外务部会办大臣、镶黄旗人那桐为内阁协理大臣，瞿鸿禨为内阁协理大臣兼外务部尚书。另外，分别任命了各部尚书、侍郎。两派均有人入阁，各就其位各司其职倒是显得相安无事，使这场角逐一时难分谁胜谁负。
而张之洞与袁世凯均被调入军机处擢升为军机大臣，也算是不相上下。
只是，袁世凯的各项兼差同时被免去，连所掌控的北洋六镇也被收回了四镇，这让袁世凯有点掉落门牙咽下肚不出的难受。袁世凯明白，这必是瞿鸿禨等人在其中作祟，但却甚感无奈。
不过，袁世凯通过官制改革，趁机把自己的人摆到了不同的要职上，多少也捞到了一些好处。对此，瞿鸿禨等人也明白，虽感无奈却心中不甘；于是，总想找机会拆袁世凯的台。
果然，瞿鸿禨等人瞄准东三省的督、抚任命一事做起了章。
原来，因东三省是清皇朝的龙兴之地，其行政体制一直来与内地迥异，实行的是民、旗两套系统常相互掣肘。故而，一年前，黑龙江将军程德全奏请“实行与内地相同的行省体制”。
于是，曾是袁世凯幕僚的徐世昌拟就了一个《东三省改制方案》，即“将盛京将军改为东三省总督，下置三省巡抚”。
因为，官制改革由袁世凯一手操办；所以，清庭批准这一《方案》后，袁世凯即将出于北洋的徐世昌、唐绍仪、朱家宝、段芝贵等四人安插其中，并得到了奕劻的认可与支持。
于是，任命徐世昌为东三省总督，唐绍仪为奉天巡抚，朱家宝为
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