北襄阳人刘公、湖南浏阳人焦达峰组织了川、鄂、湘、赣、皖、浙等省的一批会员，另行建立了一个名为共进会的团体。
共进会的《宣言》称：“共进会者，合各派共进于革命之途，以推翻满清政权，光复旧物为目的。”推举张百祥为会长。
共进会成立后，虽然自称是同盟会的行动队，但却独树一帜地另行制定了红底十八星军旗，行动上也不再接受同盟会本部的指示，分明已与同盟会分道扬镳。
湖南新化人谭人凤等同盟会员对此竭力抵制，指出这是分裂同盟会，不可取。
但是，张百祥等人仍我行我素；此后，共进会员纷纷回国以求发展。
张百祥回国后，由邓湭继任会长；不久，邓湭也回国了，则由刘公继任。
一九○九年，原两湖总督张之洞过世，清庭对长江流域控制减弱；共进会欲趁机在长江流域谋求更大的发展，于是刘公也回国了。至此，共进会的重心移到了国内，东京的共进会自行结束。
此时，张伯祥在四川活动，邓湭在江西已设立了一个分部。
刘公回国后，则也在汉口设立了共进会湖北总部；会员也很快发展成了数千人；于是，编成三镇、六军，刘公自任大都督。
此后，共进会曾谋划过几次起义，但都因组织松散纪律不严而未果。
此时，由湖北武备学堂出身、曾任湖南新军教练官、岳州威武营管带等职的湖北夏口人孙武，发觉起义军中多是组织纪律性很差的会党人员，这是导致多次起事失败的原因所在。于是，孙武决定吸收有较强组织纪律观念的军人共举大事；从而，孙武开始注重在湖北新军中发展会员，积蓄力量伺机再起。
张百祥等人另立山头后，对同盟会产生了很大冲击。
不过，没出两年，东京的共进会不知不觉中自行匿迹了，对同盟会的冲击也就自动化解。
不久，孙中山与黄兴派谭人凤访问武昌，给共进会提供了一些资金，以求彼此再度合作。
但是，因在“革命中心点应在南方还是在长江流域？”的问题上双方仍存在分歧而未能达成共识，致使再度合作之议未成。不过，通过这次接触，双方表示了谅解；决定按各自方式行事，共同为推翻清皇朝而努力。
而此后，孙武与同盟会员有了多次接触，并在访问香港时复又加入了同盟会；因此时的孙武手上已掌握了一批湖北新军中的会员，这对于同盟会来无异是一大福音，为日后的起义成功奠定了基础。
正在同盟会谋求与共进会重新合作之时，同盟会内部却又掀起了一股倒孙风潮。
原来，第一次倒孙风潮以后，孙中山与章太炎等人之间的芥蒂依然存在。
孙中山更是将热情和心血投向了南方，而对东京的同盟会本部表现了冷淡。
而因原光复会的主要领导陶成章等人热衷于搞暗杀，将暗杀作为推动革命的手段。因而，在由章太炎主编的《民报》上经常发表此类作品；除此很少谈及国人及侨民所关注的热点问题，只是不着边际地谈论一些国粹与佛学。因此，《民报》的读者面逐渐缩销路锐减，办报经费捉襟见肘了。为使《民报》能继续生存，一九○八年九月，代理主编的陶成章远赴新加坡筹款。
陶成章来到新加坡后，向孙中山提出须拨款三千元。
因这一时期南洋经济萧条，侨民给同盟会的捐资不多；所以，孙中山难以满足陶成章的要求，只好把自己的手表等稍值钱的私人物品都变卖了，勉强凑了个数交给陶成章以度时艰。
陶成章甚是不悦，又记恨于心。
不久，日本政府以激扬暗杀为由将《民报》查禁了，陶成章才将此事压下没有发难。
接着，陶成章又提出了回国筹办江、浙、皖、赣、闽五省革命协会，再次向孙中山要款五万元。因为，此事是陶成章等原光复会少数人的擅自决定；所以，孙中山没有表示支持。
陶成章没能从孙中山处得到这笔经费，决计独自经营；于是，陶成章到马来西亚的槟榔屿、缅甸的仰光等南亚各地，以五省革命军的名义筹款；但结果，捐者寥寥难以足用。陶成章筹不到款大失颜面，且又怀疑是孙中山从中作梗；于是，一股无名火都撒向了孙中山，决定再次发难了。
陶成章先是扬言：“河口起义时所用军费不过千元，孙中山将各地捐款的余资均据为己有，发了国难财。”
接着，陶成章又起草了《孙罪状》，罗列了孙中山的谎骗营私、残害同志、败坏名誉等三项罪名。
陶成章将这份《孙罪状》公开发表，遍告海内外；并找到黄兴，要求他在东京同盟会本部开会讨论，罢免孙中山的总理之职。
而此时，《民报》在被日本政府封禁一年后复刊了；孙中山将复刊后的《民报》交由汪精卫主编，这使章太炎也很不悦。因此，陶成章发难，章太炎等人即予响应。
章太炎也写了一份《伪民报检举状》，以发传单方式分送南洋、美洲各地；攻击复刊的《民报》为非法，
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