在后，段祺瑞觉得此时自己该出手了。
于是，段祺瑞立即《通电》全国发表《檄》声讨张勋；并组建了一支讨逆军，自任讨逆军总司令。七月四日，段祺瑞率讨逆军在天津的马厂誓师；然后，以段芝贵、曹锟为讨逆军东、西两路司令，起兵征讨。
曹锟则任命其部将第三师第六旅旅长吴佩孚为先锋，浩浩荡荡地向北京进发；不日，讨逆军即进驻到北平的宛平、卢沟桥一线，随时准备攻打京城。
张勋正为遭受国人声讨谴责而头疼，想不到段祺瑞却落井下石地对他背后捅刀了；直到此时，张勋才知道自己上了段祺瑞的当。不过，复辟满清皇朝确是张勋自己刻意要为之事，岂能因他人反对而轻易退却？于是，张勋决意为保卫刚复辟的皇朝而不惜与段祺瑞一战了。
然而，张勋的部下，虽然同他一样脑后也都拖着一条长辫子，但却谁也不愿为一个已经垂亡了的皇朝去卖命；所以，当段祺瑞的讨逆军攻来时，张勋的辫子兵一触即溃，有的甚至于干脆举起白旗投降。
七月十二日拂晓，吴佩孚率部攻城，其精锐之师对驻守丰台的辫子军发起进攻；辫子军如何抵得？北京城即被攻破。接着，吴佩孚一马当先，再领兵攻占了彰仪门进抵天坛直迫紫禁城。
张勋见大势已去，顾不得尚在紫禁城中的皇上了，仓皇逃入荷兰使馆中躲藏起来；然后，潜出京城不知去向。于是，刚恢复皇位的溥仪再次宣布退位，一场复辟的闹剧只经过短短的十二天就结束了。
段祺瑞赶走张勋后即返回北京，恢复国务总理之职；同时，假惺惺地电邀黎元洪回京复职。可是，黎元洪经过这次劫难后早已吓破了胆，哪还敢回京复职？于是，窝在家中《通电》全国引咎辞职，而让冯国璋代行大总统之职。
黎元洪的这份《通电》反将了段祺瑞一军，是段祺瑞始料不及的；因为，黎元洪毕竟还是名义上的大总统，他已《通电》让冯国璋代理了，谁还能争这个大位？再，徐州会议时，各督军已有赶走黎元洪后，让冯国璋当大总统之意；对此，段祺瑞也是知晓的，岂可违了众意？因此，段祺瑞只好请在南京的冯国璋进京代理大总统之职。所以，黎元洪与段祺瑞的府、院之争及张勋的丁巳复辟，闹到最后倒是让冯国璋得了渔翁之利而不亦乐乎。
不过，冯国璋同样也只是捞了个虚名，北洋政府的实权却已落在了段祺瑞手中；而且，段祺瑞还得了个再造共和的美誉，算是聊补心中缺憾了。
而曹锟因讨伐张勋有功，遂被任命为直隶督军，为北洋政府所倚重。吴佩孚则在这一役中崭露头角，深得曹锟的信赖与青睐；此后，曹锟每事必垂询于他且言听计从；渐渐的，吴佩孚在北洋军阀中冉起，显露出他人难以企及的智慧与魄力。
张勋复辟被平定后，北洋政府发出了对张勋的《通缉令》；但是，因张勋手上毕竟有着徐州会议时各省督军支持他行事的签名，其中有冯国璋的代表胡嗣瑗、段祺瑞的亲信徐树铮；所以，冯国璋与段祺瑞俩人也就不敢对他动真格，做了一番表面章后就不了了之。
此后，张勋一直逍遥法外；两年后，北洋政府赦免了张勋，并要其督办热河林垦事宜，但却遭到拒绝；又过了四年，张勋在天津病故，带着他未竟的复辟梦想去见先帝了。
而康有为自张勋复辟失败后则离开了北京，从此没再有作为；但是，康有为仍死心塌地的宣称忠于清皇朝，直至一九二七年病死于青岛。此皆后话，顺提不赘述。
就这样，段祺瑞驱逐张勋，回到北京重新掌握了北洋政府的实权。此时，名义上是恢复了民国，段祺瑞捞了个“再造共和”的美誉；但是，实质上段祺瑞却拒绝恢复《临时约法》和召集国会，而另外组成了一个受皖系军阀控制的临时参议院代行国会的职权。所以，恢复后的中华民国仍然是名存实亡，而民国政府及新组成的所谓临时参议院实际上无非是北洋军阀用来统治中国、愚弄国人的工具。
至此，段祺瑞见没了碍手碍脚的国会，自己可以放开手脚随心所欲了，也就决定重提对德宣战之事。
而刚进京代理大总统的冯国璋与段祺瑞毕竟是一根滕上的蚂蚱，暂时没有多大的利害冲突；且段祺瑞能迎他入京荣登大位，心中也很快慰。所以，冯国璋此时只是想着如何坐稳总统宝座，对于段祺瑞也就知趣地退让三分而不想与其争短长。因此，段祺瑞的对德宣战顺利地征得了冯国璋的同意。
于是，一九一七年八月十四日，未经国会审议，段祺瑞掌权的北洋政府即以大总统名义《布告》，正式对德国与奥地利宣战了；同时，宣告：“所有以前中国与德、奥两国订立之《条约》、《合同》、《协约》及其它国际条款一律废止。”
北洋政府正式对德宣战后，接着就公开向英、法等国输送劳工了。
于是，由法国退役少校陶履德组织的招工团公开在华招募华工了；英**方则也派出有中国通之称的布恩尼，替英国陆军部为英国在法远征军在中国招募华工。短短的一年时间，英、法两国即在中国的香港、山东威海卫及东南
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