，并通缉徐树铮及安福系的十名主要成员。
但此时，徐树铮已避难到了日本公使馆内；然后，日本驻华公使日置益将徐树铮藏于柳条箱内，由日本军官护送去往日本，这才让他度过了一劫。徐树铮虽然保住了一条性命，但他那由收复外蒙古而得到的光环却因直皖战争中的败北而失色了；最后，竟要极不光彩地被塞在箱中才逃离海外，这却是连他自己都未曾想到的。
就这样，直皖战争只经历了短短的五天时间，就以皖系军阀的战败垮台而宣告结束。
直皖战争结束后，段祺瑞被罢免了一切职务，既无权又无兵了的段祺瑞这次算是彻底输光了；不过，直、奉两系军阀只是将他逐出北京，倒是没有进一步难为他。段祺瑞离开北京后，避居到了天津的日本租界内，并开始吃素念佛似若超脱世外了；但是，段祺瑞实际上只是蛰伏，仍关注着政坛风云以期东山再起。
段祺瑞下台后，陕西督军陈树藩失去了靠山，不知该如何办好了。
此前，陈树藩曾诱捕囚禁了以倒陈伐段为宗旨的陕西靖**第四路司令胡景翼；此时，陈树藩为了讨好靖**，只得释放了胡景翼，以免自己被赶下台。同时，又派人携重礼求见张作霖、曹锟，希图改换门庭后能保住位子。
但是，因陈树藩出任陕西督军以来，横征暴敛欺压百姓，民怨实在太大了；虽然释放了胡景翼，向靖**示好，但仍难以得到宽谅。五月初，陕西各县商民代表汇集西安，在湖广会馆召开驱陈大会；并成立了陕西各界驱陈联合会，派代表赴京请愿坚决要求撤免陈树藩。与此同时，陕西旅京学生也在北京的中山公园召开驱陈大会，以与陕西民众遥相呼应。五月二十五日，在民众的一片谴责与声讨中，北京政府下令将陈树藩罢免，任命陆军第二十师师长阎相为陕西督军。
于是，阎相率所部入陕任职。同时，又派谴时任陆军第十一师师长冯玉祥率部经潼关入陕，陆军第七师师长吴新田率部经湖北勋县入陕。
陈树藩不服欲负隅顽抗，阎相、冯玉祥、吴新田及胡景翼的靖**即对其夹击。陈树藩毕竟是孤军无援，怎抵得数路夹击；稍一接战，即溃不成军，只得退守汉中；然后，又逃往四川；最后，经万县、汉口，逃到上海。
阎相入陕后不久，却因诱杀了陕西靖**第一路军司令郭坚，而使陕西政局又动荡不安了；因此，阎相被其顶头上司吴佩孚训斥了一顿。谁知，阎相自感失宠，竟然在督军署内吞服鸦片自尽了。
阎相死后，冯玉祥被任命为陕西督军，吴新田为陕南边防军总司令。自此，冯玉祥算是有了出人头地的一天，且归于直系须听命于曹锟与吴佩孚了。
直皖战争后，因北洋政府是由直、奉两系联合执政；为缓和相互间矛盾，遂让徐世昌仍留在了总统之位，而靳云鹏则复任国务总理了。接着，设置了直、鲁、豫三省巡阅使，曹锟为正使，吴佩孚为副使；于是，直系的势力扩张到了鲁、豫等地。
而张作霖的奉军势力，直皖战争后也开始向关内渗透了；不久，张作霖被任命为蒙疆经略使，节制热、察、绥三都统；如此，奉系的势力更是向西扩张了许多，张作霖得到的实惠不亚于直系，也就心满意足了。
所以，虽然因徐世昌、靳云鹏原属皖系；表面上看，直皖战争后的北洋政府仍由皖系掌权；但实际上，战后的北洋政府实权已暗中易手，完全由直、奉两系共同控制了，奉系军阀张作霖开始坐大。
不过，此时的张作霖也有着他自己的烦恼。原来，袁世凯在世时，曾与日本政府签订有《满蒙五路秘密换》及《四郑铁路借款合同》、《满蒙四铁路借款预备合同》、《吉长铁路续借款合同》、《吉会铁路借款预备合同》，将东三省的许多路权都卖给了日本；后来，还签订了《二十一条》及附约《关于南满洲及东部内蒙古之条约》。
虽然，日本欲修筑满蒙五路的计划因中国战乱不断政局长期动荡而被搁浅了。然而，依据《二十一条》获得的土地商租权、杂居权和合办农业及附随工业权却在南满铁路有了落实，日本政府利用这三权已将南满铁路两旁的大片土地攫取了。
张作霖主政东三省后，日本政府则欲假手张作霖将被搁浅的满蒙五路计划落实。张作霖想方设法欲抵制，最后迫于压力只得默许了修筑四平街至郑家屯的四郑铁路；后来，满铁付给张作霖八百万元的通融款，又将四郑铁路延伸，修筑了郑家屯至洮南的郑洮铁路和郑家屯至通辽的郑通铁路等两条支线。如此一来，这几条铁路沿线两侧的大片土地必将又会被日本人以商租的形式侵占去，这种不显山露水的缓慢吞食比用明目张胆的武力侵占来得险恶而不被人所察；用不了多久，东三省的土地就会被日本政府以商租的形式侵占完了。
张作霖虽是草莽出身，对于日本政府的这种险恶用心却是看得十分清楚；因此，他觉得不该等闲视之应予抗争；否则，土地没了，自己还怎当东北王？然因，日本人有《二十一条》及《附约》作依据；而这两个《条约》是中日两国政府签署的，张作霖无权且也无法将其废
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