以为到了上海就该安全了，谁知抵达上海后的第二天，即三月二十八日下午就被洪钟宇枪杀在客房内了。
东和客店出了命案后，上海县令黄爰棠即将凶手洪钟宇拘捕；庭审时，洪钟宇供述自己是朝鲜人，奉命刺杀叛臣金玉均。案情很快就真相大白，黄爰棠不敢懈怠，赶紧向上禀报。
李鸿章获知此事后，想不好该如何处置；赶紧命江海关道观察聂仲芳致电袁世凯探问究竟。
袁世凯即予回电告以：“岩田和三即金玉均，系朝鲜叛臣。洪钟宇确系朝鲜官员，乃奉命行事。”
而此时，朝鲜驻天津督办徐相乔也前来谒见李鸿章，要求将金玉均的尸体及洪钟宇交还给朝鲜自行处理。
李鸿章知晓端详后，即依了徐相乔的请求。
洪钟宇回到朝鲜后受到了“高宗”李熙的褒奖，而金玉均则被暴尸示众。
此消息传到日本，明治政府为失去了这一可资利用的筹码而惋惜；朝野闻知亲日的金玉均在中国的上海被枪杀，而清政府却将其尸体交给朝鲜任由凌辱，认为这是对日本国的藐视。
所以，众议员犬养毅等人竭力要求政府出兵朝鲜。
然而，外务大臣陆奥宗光却觉得，朝鲜有清皇朝作后盾，轻易出兵会导致与清皇朝的交战；而以眼下两国兵力比较，日本国尚无胜算；且为他国的一个叛逆者之死而宣战，也不可取；故而，出兵朝鲜时机尚未成熟。
正在日本国内的求战情绪勉强被抑制住的时候，谁知朝鲜国内又发生了突变。
原来，由朝鲜庆尚道庆州府人崔济愚早年创办的东学道；这一年，其全罗道古阜郡东学道首领全唪准，利用百姓对地方官吏横征暴敛的不满，率领信徒举行了起义。因起义后的东学道抛弃了宗教外衣，故史称其为东学党起义。
东学党起义后，不但击败了前来镇压的官军，还乘胜追击攻占了全罗道首府全州，并扬言要直捣京都汉城。朝鲜国王李熙为此大惊，赶紧通过袁世凯向大清朝求援。
清庭闻报后，决定应李熙之邀发兵入朝。
于是，李鸿章派遣直隶提督叶志超会同太原总兵聂士成率兵数千急赴朝鲜；同时，由中国驻日公使汪凤藻《照会》日本。
清军抵达朝鲜后，没有赴全州立即镇压起义军；叶志超将部队驻扎在忠清道牙山县内，只派了聂士成率百余人去全州招抚叛军。
东学党起义军毕竟是乌合之众，见清军将至早已撤离了全州。
清军不费一枪一炮收复全州后，即电告李鸿章，聂士成则请求班师内渡。
然而，李鸿章却回电：“和议未定，暂驻牙山。”
因此，叶志超和聂士成只好遵令继续驻扎在牙山了。
而明治政府得知清皇朝派兵进驻朝鲜的消息后，赶紧召开内阁会议商议对策。
内阁总理大臣伊藤博断然道：“必须也向朝鲜派遣军队，以维持中日两国在朝鲜的均势。”
于是，日本趁机不请自至了。
六月上旬，陆军少将大岛义昌奉日本参谋本部的命令，率领一支八千余人的混成旅，在吉野号等日舰护送下抵达仁川港，并抢占了仁川与汉城。
于是，中日两军对峙了，情势显得一触即发异常危险。
聂士成见日本兵至恐引发事端，再次致电李鸿章请求“尽快撤兵，以免不测”。
但是，李鸿章却并不在意；在他觉得，自己有北洋海军，日本岂敢妄为；若言撤军，亦须双方同步；否则，岂不失了大清皇朝的颜面？因此，李鸿章仍然没有同意聂士成的撤军请求，只是指令袁世凯与日军谈判，协商双方同时撤军。
此时，已年过六旬的大岛义昌倒也有撤军之意；然而，因日军内的少壮派竭力反对撤军，袁世凯与大岛义昌的撤军谈判最终未成。
而日本外务大臣陆奥宗光也觉得这正是日本向朝鲜扩张的极好机会，所以也不同意撤军。
于是，陆奥宗光一面指令大岛义昌继续留驻于朝鲜境内；一面《照会》清政府的总理衙门及李鸿章，以“朝鲜内乱未靖，朝政需要改革”为由表示“日军须继续留驻”，并提出了所谓由中日两国共同帮助实施的“朝鲜内政改革方案”。
对此，清政府表示反对；汪凤藻给陆奥宗光回复，明确表明了态度：“朝鲜内乱既平，善后事宜，当由其自处；至于内政，中国尚且不问，日本尤无权干预。两国依约，乱定撤兵，无可更议。”
但为了不伤两国间的和气，清政府总理衙门大臣奕劻等人先后两次与日本驻华使馆参事村寿太郎等人进行了谈判，希望能通过谈判解决双方的分歧。
然而，明治政府的本意不在于此，实是欲藉此干预朝鲜内政并进而对李氏王朝实施控制。所以，双方的分歧可谓天壤之别难以解决，谈判也就毫无结果。
且在谈判期间，日本政府非但没有撤军意向，反而又派遣第九旅团第二十一联队抵达仁川。
同时，陆奥宗光授意大岛义昌逼迫朝鲜国王李熙表态声明：
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